برای فعالان در عرصه تحقیق و پژوهش در ارتباط با موضوعات اصلى و کلى در کتابخانه، زیر مجموعه‏هائى به شرح زیر ایجاد شده است:

الف) مستبصرین (شیعه شدگان) : مراجعان و محققان مى‏توانند در این قسمت از کتابهایى استفاده نمایند که نویسندگان آنها – که در ابتدا سنى مذهب بوده‏اند به توفیق الهى – به مذهب اهل بیت (علیهم‌السلام) گرویده‏اند . این کتابها در موضوعات مختلف چون ، امامت ، علل ونحوه‌ی شیعه شدن، مناظرات و پاسخ مطالب نادرستی است که ناآگاهان یا دشمنان اهل بیت(علیهم‌السلام) مطرح کرده‌اند .

ب) زبان خارجى : مِهر به ولایت علوى وعظمت حیدرى ، حد و مرزى نمى‏شناسد . هرکس در هر کجاى عالم هستى مى‏تواند به مولایى چون امیرالمؤمنین(علیه‌السلام) ارادت بورزد . نتیجه این محبّت کتابهایى است که به زبانهاى گوناگون درباره یگانه مظلوم عالم ، تألیف ، یا ترجمه شده است.

در این مجموعه، علاوه بر زبان فارسى و عربى، کتاب‌هایی به سایر زبان‌های زنده دنیا قرار دارد. این زبان‌ها عبارتند از: اردو، انگلیسى، ترکى استانبولى، روسى ، فرانسوى، آلمانى، ایتالیایی، اسپانیولی، ترکى آذرى، کردی، آلبانیایی، چینی، بنگالی و تاجیکی که تنها نزدیک به ششصد عنوان از آنها کتاب‌ است. بیشتر این آثار به زبان‌های اردو، انگلیسى و ترکی استانبولی اختصاص دارد.

ج) کودک و نوجوان : نام زیباى على(علیه‌السلام) از لحظات آغازین زندگى ، همراه و مونس فطرى هر انسان است . در این راه یکى از بهترین و مؤثرترین شیوه‏ها جهت استحکام این پیوند ، کتابهایى است که به زبان ساده و زیبا براى کودکان منتشر شده است . در این بخش ، کتاب‌های کودک و نوجوان، شامل موضوعات : زندگى، غدیر، شعر کودکانه، فضائل، مسابقه، جدول و رنگ آمیزى، به زبانهای مختلف جمع آورى شده است. تاکنون بیش از پانصد عنوان کتاب در این بخش فراهم آمده است.

د) نویسندگان غیر مسلمان : از آنجا که عظمت و بزرگى حضرت على(علیه‌السلام) با فطرت انسانهاى فرهیخته عجین شده در این بخش، شاهد کتابهایى هستیم که نویسندگان آنها علیرغم تعلق به کیشی غیر از اسلام ، کتاب‌هایی درمورد بزرگمرد اسلام پس از پیامبر اکرم(صلی‌الله علیه وآله) یعنى على(علیه‌السلام) نگاشته‌اند. بسیاری از چنین آثاری، با توجه به قدمت آنها، قابل خریداری نبوده‌اند و به همین خاطر به صورت کپی از مراکز یا اشخاص تهیه شده است. برخی دیگر از آثار نویسندگان غیر مسلمان در فهرست نیاز‌ها و سفارشات کتابخانه قرار دارند که به تدریج تهیه و در اختیار مراجعان قرار می‌گیرد.

ه‍) شعر : یکى از میادین بزرگ تجلى فضایل مرتضوى ، ادبیات منظوم شیعه و حتى غیر شیعى است. در این قسمت مجموعه‏هاى شعر، از شعراى کهن و معاصر ، فارسى و عربى زبان و همچنین چاپ‏هاى مختلف دیوان منسوب به حضرت امیر(علیه‌السلام) براى استفاده دوستداران حضرتش فراهم گردیده است.  یکی از نفیس‌ترین آثار موجود در این قسمت، چاپ نسخه برگردان(فاکسیمیله) از منظومه‌ی ارزشمند علی‌نامه است که از روی تنها نسخه‌ی شناخته شده‌ی اثر در ترکیه به چاپ رسیده است.

و) ادعیه و زیارات : دعاى کمیل و صباح و زیارت امین الله و جامعه، همچنین صحیفه علویه و مجموعه‏هاى مشهور ادعیه‌ی صادره از لسان مولا على(علیه‌السلام) به همراه شروح آن در این بخش قرار دارند. تعداد قابل توجهی از متن اصلی این ادعیه به صورت صوتی یا تصویری نیز موجود است.

ز) تاریخ : کتب تاریخ اسلام و تشیع از رحلت پیامبر اکرم(صلی‌الله علیه وآله) تا شهادت حضرت على(علیه‌السلام) و جریانهائى که در این فاصله به وقوع پیوسته را شامل مى‏شود. کتاب‌هایی که به صورت مستقل درباره‌ی واقعه‌ی سقیفه، جمل، صفین و نهروان منتشر شده‌اند به همراه کتاب‌های مربوط به خوارج، در همین بخش قرار دارند.